Die Merkmale des Rhesussystems sind Proteine der Erythrozytenmembran. Das Merkmal D ist das stärkste Immunogen; wer es trägt, gilt als rhesuspositiv, wer es nicht trägt, als rhesusnegativ. Der entscheidende Unterschied zum AB0-System ist, dass hier keine natürlichen Antikörper vorkommen. Ein rhesusnegativer Mensch bildet Anti-D erst, nachdem er mit D-positiven Erythrozyten in Berührung gekommen ist, sei es durch eine Transfusion oder durch eine Schwangerschaft. Diese Sensibilisierung durchläuft eine vollständige Primärantwort und bleibt zunächst klinisch stumm.
Daraus ergeben sich zwei klinische Konsequenzen. Erstens verläuft die erste Unverträglichkeit im Rhesussystem meist ohne Sofortreaktion; die Hämolyse zeigt sich verzögert nach Tagen bis Wochen mit Abfall des Hämoglobins, Anstieg von Bilirubin und Laktatdehydrogenase sowie Abfall des Haptoglobins. Zweitens verläuft jeder weitere Kontakt rasch und schwer, weil nun Gedächtniszellen und zirkulierende Antikörper vorliegen. Anti-D gehört zur Klasse G und ist damit plazentagängig.
Für die Schwangerschaft bedeutet das: Trägt eine rhesusnegative Frau ein D-positives Kind, treten vor allem unter der Geburt fetale Erythrozyten in den mütterlichen Kreislauf über und lösen eine Sensibilisierung aus. Das erste Kind bleibt davon meist unberührt. In einer Folgeschwangerschaft passieren die mütterlichen Antikörper der Klasse G jedoch die Plazenta, binden an fetale Erythrozyten und führen zu einer fetalen Hämolyse mit Anämie, Herzinsuffizienz und schwerem Ikterus des Neugeborenen.
Die Anti-D-Prophylaxe unterbricht genau diesen Weg. Man gibt der rhesusnegativen Frau fertige Anti-D-Antikörper, die übergetretene fetale Erythrozyten abfangen und dem Abbau zuführen, bevor das mütterliche Immunsystem sie als Antigen erkennen und eine eigene Antwort aufbauen kann. Es handelt sich also um eine passive Immunisierung, deren Zweck die Verhinderung einer aktiven ist. Notwendig ist sie nicht nur nach der Geburt, sondern nach jedem Ereignis mit möglichem Übertritt fetalen Blutes, etwa nach Bauchtrauma, Fehlgeburt oder invasiver Diagnostik.